Η EΣTIA δημιουργήθηκε από δύο εξαιρετικούς ιδεαλιστές, τον Kurt και την Doris Eisenmeier, ιδρυτές και δια βίου κατοίκους δύο καινοτόμων κοινοτήτων στη Γερμανία για ενήλικες με νοητική αναπηρία και τους φροντιστές τους.

Αποφάσισαν να αφιερώσουν τα έσοδα από την πώληση της οικογενειακής τους επιχείρησης στην Ελλάδα, για να δημιουργήσουν ένα παρόμοιο κέντρο προς όφελος της ελληνικής κοινωνίας.

Το 1992, η ΕΣΤΙΑ ΑΓΙΟΣ ΝΙΚΟΛΑΟΣ ιδρύθηκε στη Γερμανία ως Φιλανθρωπικό Ίδρυμα, αναγνωρισμένο από το κρατίδιο της Έσσης, όπου εδρεύει. Στην Ελλάδα, ένα χρόνο αργότερα, ιδρύθηκε το ομώνυμο παράρτημα στο Γαλαξίδι.

Η επιλογή του Γαλαξιδίου ήταν σκόπιμη. Το 1990, η κυρία Βεατρίκη Αργυροπούλου και η Ροδούλα Σταθάκη-Κούμαρη, ίδρυσαν το Ελληνοελβετικό Ίδρυμα «Τα Δελφίνια» στο Γαλαξίδι, με στόχο τη δημιουργία μιας υποδειγματικής μονάδας για άτομα με μαθησιακές δυσκολίες. Το ζεύγος Eisenmeier τους επισκέφθηκε στο Γαλαξίδι το 1991 και οι δύο πλευρές αποφάσισαν να ενώσουν τις δυνάμεις τους για να πραγματοποιήσουν το κοινό όραμά τους.

Η ΕΣΤΙΑ αδειοδοτήθηκε από το Ελληνικό Δημόσιο το 1993 ως Κοινωφελές Ίδρυμα και δέχτηκε τους πρώτους κατοίκους της. Το 1994 αναγνωρίστηκε ως θυγατρική του Γερμανικού Ιδρύματος, με κοινή απόφαση των Ελλήνων Υπουργών Οικονομικών, Εξωτερικών και Υγείας και Πρόνοιας. Η απόφαση αυτή δημιούργησε τις προϋποθέσεις για την ίδρυση και άλλων αλλοδαπών Ιδρυμάτων στην Ελλάδα.

Με την πάροδο του χρόνου, το μοναδικό μοντέλο της ΕΣΤΙΑΣ, αναγνωρίστηκε στην Ελλάδα. Τα τελευταία χρόνια έλαβε δύο εξαιρετικές διακρίσεις: Το 2015, το Βραβείο της Κίνησης Πολιτών από τον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας, ενώ το 2018, το «Βραβείο Προσφοράς Ζωής» από την Ένωση «Μαζί για το Παιδί» δόθηκε στην συνιδρύτρια της ΕΣΤΙΑΣ, Κα Ροδούλα Σταθάκη.